Reakcje atopowe mogą doprowadzać do zaburzeń czynności całego organizmu (groźny dla
życia wstrząs anafilaktyczny), lecz w ogromnej większości dotyczą jednego układu lub
narządu.

W związku z tym wyróżnia się następujące jednostki chorobowe dotyczące:

nosa (alergiczny sezonowy i całoroczny nieżyt nosa),

oskrzeli (astma oskrzelowa atopowa),

skóry (atopowe zapalenie skóry),

oczu (alergiczne zapalenie spojówek),

przewodu pokarmowego (alergia pokarmowa).