Reakcje atopowe mogą doprowadzać do zaburzeń czynności całego organizmu (groźny dla
życia wstrząs anafilaktyczny), lecz w ogromnej większości dotyczą jednego układu lub
narządu.
W związku z tym wyróżnia się następujące jednostki chorobowe dotyczące:
nosa (alergiczny sezonowy i całoroczny nieżyt nosa),
oskrzeli (astma oskrzelowa atopowa),
skóry (atopowe zapalenie skóry),
oczu (alergiczne zapalenie spojówek),
przewodu pokarmowego (alergia pokarmowa).